阿米巴原虫常常使人类肠道发生感染，引起阿米巴痢疾。感染了阿米巴的患者在大便时，阿米巴滋养体可随粪便排出，如不注意卫生，可污染外阴，并经阴道口侵入阴道内。如果阴道粘膜有破损或机体抵抗力下降时，滋养体就会侵入阴道壁组织内，繁殖生长，而发生阿米巴性阴道炎。
由于本病较为罕见，有时会被临床医生忽略，但根据腹泻或痢疾病史及有关检验，可以做出诊断。最可靠的诊断是从阴道分泌物中（同时检查患者的粪便）找到阿米巴滋养体。可用直接涂片法或培养法找溶组织内阿米巴原虫，以及病灶的病理学检查。对分泌物检查阴性的阴道慢性溃疡病例，更应做活组织检查。
在健康情况下，一般不发病，但如全身情况差，尤其外阴阴道有损伤，局部抵抗力降低时，阿米巴滋养体便可乘虚而入，生长繁殖，引起阿米巴性阴道炎。溃疡的形成是阿米巴性阴道炎的基本病变。当阿米巴原虫侵入阴道粘膜后，以其伪足的活动及其分泌的溶组织酶，使粘膜细胞发生坏死，形成溃疡，边缘隆起，病灶周围有淋巴细胞及少数浆细胞浸润。溃疡表面被覆黄棕色坏死物质，内含溶解的细胞碎片，粘液和阿米巴滋养体。
阴道分泌物呈浆液性或粘液性，从中可找到大滋养体。当阴道粘膜形成溃疡、出血时，则分泌物可转成脓性或血性。有时质脆的溃疡可出现在宫颈、外阴，融合成大片坏死。个别病例由于结缔组织反应严重，可呈现不规则肿瘤样增生，质硬，溃疡面覆有血性粘液分泌物，易误诊为恶性肿瘤。
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