本菌通常经呼吸道进入人体.肺是感染的首发部位.正常人吸入隐球菌后.引起肺内感染.病变多仅局限于肺部.很少出现症状.常有自愈倾向.若因过度劳累或有免疫缺损的慢性病患者（如晚期恶性肿瘤.白血病.长期接受大剂量激素.广谱抗生素及抗癌药等治疗）.吸入真菌后在肺内形成病灶.可经血行播散至全身.且多侵入中枢神经系统.
本菌感染后仅引起轻度炎症反应.肺部有局限性或广泛性肉芽肿形成.坏死和空洞少见.钙化和肺门淋巴结肿大极为罕见.也可在胸膜下形成小结节.隐球菌可在脑部冠状切面的灰质部分产生病变.常可引起脑膜脑炎.
