整个抗病毒治疗结束时，要对患者进行一次全面的复查，包括肝功全项、乙肝病毒系列指标、B超、血常规等，与治疗前的这些数字进行比较。如果有条件，可以进行治疗前后的肝穿检查，了解肝脏组织治疗前后发生的变化，评价整个治疗的得失。
如果治疗效果非常理想，如e抗原转阴，乙肝病毒DNA转阴，肝功全部正常，治疗可以暂告结束；如果疗效不佳，如肝功反复异常，乙肝病毒复制指标依然阳性，此时需要与患者进一步沟通，商讨下一步如何调整治疗方案。
一般来说，在整个疗程结束后的最初半年内，至少每2个月检测1次肝功能、两对半和乙肝病毒DNA。以后每3～6个月检测1次，由医生视情况决定具体随访时间，但至少应随访12个月。随访中如有病情变化，应视情况缩短监测的时间间隔。
对于慢性乙型肝炎、肝硬化患者，特别是肝癌高危患者（＞40岁，男性、嗜酒、肝功能不全或已有甲胎蛋白增高），还应每3～6个月检测1次甲胎蛋白和腹部B超。
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