肛瘘自愈几率很小，一般常采用的物理疗法很难将其根治，所以肛瘘最佳治疗方法还是进行手术，如果肛瘘不治危害重重。由于肛瘘瘘管的存在，极易由于粪便的进入而发炎，且不断复杂化，所以，长期肛瘘可能使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血。
①肛瘘不治降低抗病能力。脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。
②肛瘘不治极易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。上海肛泰医院专家提醒：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
综上所述，肛瘘应该尽快治疗，不要难于启齿或者羞于颜面，一拖再拖只会让肛瘘变的复杂化，更难治疗。
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