骨样骨瘤有特殊的疼痛症状和典型的瘤巢X线景象,较易诊断。但仍需与以下骨病鉴别。
（1）慢性骨脓肿为低度慢性化脓性感染，具有红、肿、热、痛等炎性症状，且有反复发作病史，好发于长骨干骺端，破坏区较大，骨皮质局限破坏，周围致密，有时有小死骨，但无瘤巢。
（2）慢性硬化性骨髓炎（Garre型）疼痛性质与骨样骨瘤相似，常为间歇性。X线表现为：骨质局限或广泛增生硬化，无瘤巢，髓腔狭窄甚至闭塞。
（3）成骨细胞瘤：二者同属良性骨细胞性肿瘤。成骨细胞瘤无骨样骨瘤特有的夜间疼痛，但发展较快，破坏区较大，常>2cm。皮质膨胀明显，周围硬化轻微。
（4）单发性内生骨疣无周围骨质硬化，无疼痛。多发于手足小骨。
（5）应力性骨折：一侧骨皮质断裂，局限性骨膜增生、骨质硬化，颇似骨样骨瘤。但体层或MRI可见横形骨折线，多有长期连续运动史。
（6）骨斑（Bovespot）或骨岛（Boneisland），病变的毛刷状边缘与周围的骨小梁混合在一起,表现形式为“放射刺状”或“伪足状”。一般无症状，无需治疗。
