（一）巨幼细胞性贫血合并缺铁性贫血：巨幼细胞性贫血的红系的巨型改变可被掩盖而不典型，周围血液可见两种类型的红细胞，又称“二形性贫血”，但粒系的巨型改变则不易被掩盖，可资鉴别。另外，巨幼细胞性贫血时，血清铁、运铁蛋白饱和度、血清和红细胞碱性蛋白均增高，如减低则表示有缺铁。
（二）急性非淋巴细胞白血病中的红白血病：红白血病患者的骨髓中亦出现很多巨幼红细胞，但常常还有多少不一的原粒细胞，巨幼红细胞可有多核和特大型，血清叶酸或维生素B12均不减少。用叶酸或维生素B12治疗亦无效。
另外，还应与伴有骨髓巨幼样变的其它情况，如白血病、骨髓增生异常综合征、慢性再障、甲状腺功能减退症、肿瘤化疗后及先天性红细胞造血异常性贫血等鉴别。
