狼疮性肾炎的肾脏病理改变呈多样化及多变化：可呈弥漫性、节段性或局灶性。每一狼疮性肾炎患者的肾小球、肾小管间质及小血管均可能出现不同的改变。狼疮性肾炎主要组织学改变在肾小球，但是肾小管间质及小血管的改变同样也决定患者的预后。多数患者的免疫荧光改变呈“满堂亮”，有时可见到“白金耳”现象，即光镜下肾小球毛细血管袢呈铁丝圈样。本病的另一个基本病变是毛细血管袢呈节段性坏死。狼疮性肾炎患者中肾间质炎症、纤维化和肾小管上皮改变并不少见，也有一些患者主要表现为小管间质病变和而肾小球正常或仅有轻度系膜增生。在狼疮性肾炎中血管损害普遍存在，包括血管内血栓形成、动脉和小动脉硬化以及坏死性动脉炎等。同时，肾小球毛细血管血栓形成预示着血管内凝血异常。在所有的狼疮性肾炎肾血管病变中，由高血压引起的最为常见。以上所有的病理改变都呈进行性发展，最后都使患者的肾单位逐步纤维化、功能丧失，患者的肾功能进行性下降，直至尿毒症。可见，狼疮性肾炎的病理改变均属于肾脏纤维化这个病理改变过程，治疗狼疮性肾炎必须从阻断肾脏纤维化入手，这样才能取得确切的疗效和达到不易复发的目的。
