应用一般治疗剂量的副作用：可有恶心.呕吐.口腔及上腹部烧灼感.头痛.头晕.耳鸣.视力障碍.皮肤瘙痒.紫癜.皮疹等.偶有不自主运动.心室颤动.误用大量发生中毒时.尚可有呼吸和脉搏加快.血压下降.嗜睡.昏迷.惊厥.心律失常.甚至发生阿-斯综合症（此种情况偶亦见于应用一般治疗剂量时）.导致心脏骤停.或因呼吸衰竭致死.此外.葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏病儿应用氯喹后可发生溶血而致急性肾功能衰竭.
长期用药可引起视网膜病.出现视觉障碍如视物模糊.复视.畏光.甚至失明.并可发生耳鸣.耳聋等.其他尚有皮疹.皮炎.紫癜.脱毛.色素沉着或毛发变白.白细胞.粒细胞.血小板或全血细胞减少.中毒性精神病；少数病例发生肌无力.眼睑下垂.咀嚼及吞咽困难.
