慢性输卵管卵巢炎对患者虽无生命危险，但可使其长期精神忧郁，影响健康及工作，故应采用积极而有效的治疗以解除患者的痛苦。治疗的原则应当包括：①取得根治的效果，②婚后不育者设法使其有受孕可能，③对年轻患者尽量保留卵巢功能。
一、手术治疗是获得根治的较可靠方法。
（一）手术指征
1.年龄较大、已有子女且症状明显者。
2.有反复急性发作史而经非手术治疗效果不佳者。
3.已形成较大的输卵管卵巢囊肿或输卵管积水者。
4.年龄较轻，婚后不孕，其他功能正常、输卵管梗阻但未形成包块，切盼生育者。
（二）手术范围对年龄较大已有子女的患者，应进行全子宫及双侧附件切除术以取得根治的效果，如勉强保留卵巢往往遗留后患。年龄虽较轻，但双侧附件已形成包块（包括输卵管积水、输卵管卵巢囊肿）亦宜作全子宫及双侧附件切除术。但如患者年龄较轻，仅有输卵管积水，一侧卵巢外观尚较正常，可以考虑将该侧卵巢保留。对年龄轻，迫切希望生育而输卵管不通但尚未形成包块者，应考虑进行输卵管复通手术。在显微外科已被广泛应用的情况下，输卵管复通术的成功率已有明显提高。手术中应同时将输卵管、卵巢周围可见到的粘连带全部分离。进行输卵管复通手术时，必须肯定炎症是非结核性的，否则不可能成功。
二、非手术治疗非手术治疗仅适用于年龄较轻而输卵管卵巢尚未形成包块的患者。治疗的方法虽有多种，但疗效并不十分肯定。患者可在门诊治疗随访。首先可试用抗生素治疗，可用治疗急性输卵管卵巢炎的相同药物。应用抗生素的根据是，在此类慢性病患者的输卵管内尚可残存有少量致病菌，抗生素可将其杀灭，且可防止复发。在用抗生素的同时，可加用肾上腺皮质激素，治疗一段时间后一些患者的症状可明显减轻甚至消失，少数患者的输卵管且可以复通，但这不等于患者已被根治，输卵管复通后，亦不等于即可受孕。对这些患者仍需继续随访检查。
应用物理治疗对一些慢性输卵管卵巢炎患者也有一定疗效。常用的方法是应用超短波透热疗法，此种疗法可取得消炎散肿的效果。患者如能坚持较长时间的治疗，症状常可减轻以致消失。但一些患者于停止治疗后不久症状又复发，说明并未得到根治，故有人主张抗生素与理疗同时进行应用，以期提高疗效。
生殖器官结核应列为理疗的禁忌症，经理疗后如症状反而加重，应考虑是否有结核感染存在，而需进行相应的检查。
慢性炎症患者经以上方法治疗后，有可能使输卵管复通而不畅，以致发生输卵管妊娠。此种情况在临床上并不罕见。
