「病因」免疫缺陷可能是先天性的，也可以是后天获得性的。出生时就存在的免疫疾病通常是遗传性的。
免疫缺陷者肺炎是由于患者自身免疫系统缺陷而引起的肺炎，其发病往往与病原体感染有关。防御功能受损病人的潜在病原体可能很多。但是根据宿主免疫缺陷的性质，X线改变和临床症状的类型，往往能判断出最可能的病原体。
「检查」在免疫缺陷病人，由于有治疗不当的危险，需采取有创性手段（如支气管镜检，经胸壁肺穿刺或开放式肺活检）以利明确诊断。通过支气管镜检（经支气管活检）或开放性手术获取组织，用于组织学检查或培养。虽然采取后一种办法一般需全身麻醉且在术后要留置胸导管，但可以在直视下在病变部位采取足够的标本。此办法仍是最有诊断价值的可靠措施。然而，许多病人病情太重，无法承受有创性活检。在这种情况下，经纤维支气管镜与支气管肺泡灌洗常可提供具有诊断价值的标本。
