对男性不育症有各种不同的分类方法。常有人根据精液化验结果将男性不育症分为少精子症、弱精子症、畸形精子症、无精子症等；还有人将其分为性功能障碍性不育症、精液异常性不育症、无精子症等。以上分类方法不是流于表面，就是含糊笼统。为此，WHO提出了以病因诊断为依据的分类方法，这一分类方法是目前世界上最为权威的男性不育症诊断分类方法，它把男性不育症分为16类：
（1）性交和／或射精功能障碍
（2）免疫学病因
（3）原因不明
（4）单纯性精浆异常
（5）医源性病因
（6）全身性病因
（7）先天性异常
（8）后天获得性睾丸损伤
（9）精索静脉曲张
（10）男性副性腺感染
（11）内分泌病因
（12）特发性少精子症
（13）特发性弱精子症
（14）特发性畸形精子症
（15）梗阻性无精子症
（16）特发性无精子症
