虽然一些病人可在毒素进入身体后4小时内或8天以后才发病，但一般说来，症状在毒素进入体内18～36小时内急性发生。进入体内的毒素越多则发病越快。通常，进食污染食物后24小时内起病，则提示其中毒程度严重。
初期症状常常有口干、复视、眼睑下垂以及不能看清附近物体。检查时，可发现双眼瞳孔不能随曝光而正常收缩，甚至完全不收缩。在一些病人，首发症状也可以是恶心、呕吐、胃痛和腹泻。另一些病人，尤其是伤口肉毒中毒，可以完全没有这些胃肠道症状。
病人说话和吞咽困难。吞咽困难可使食物吸入肺而引起吸入性肺炎（见第41节）。当损害逐渐向身体下部分发展时，双上肢和双下肢肌肉以及呼吸肌都会进行性地变得无力。虽然感觉仍然存在，但支配肌肉运动的神经已受到损害而失去功能。尽管病重，病人的神志通常是清楚的。
大约2/3肉毒中毒的婴幼儿中，首发症状是便秘，然后出现面部和头部的神经肌肉瘫痪，最后累及双上肢、双下肢和呼吸肌。一侧肢体的神经损害可能重于另一侧。症状可以从轻微的昏睡和喂养时间延长到严重的肌肉张力下降，甚至呼吸肌调节功能丧失。
