对内分泌功能异常引起的少精子症的治疗：部分患者服克罗米芬可提高精子数，每日25mg，每月服25日，停5日，6～12个月为一疗程。有报道长期服用可降低形态正常精子的百分率，故目前推荐用低剂量疗法，即隔日25mg。
也有采用人绒毛膜促性腺激素（HCG）1000u，每周肌肉注射2次，8～10周为一疗程;同时可每日内服维生素E100～200mg，连服3～4个月。合肥九龙泌尿专科医院专家指出也有试用丙酸睾丸酮50mg，每周肌肉注射3次，共3个月，用药时精子数减少或消失，停药后出现反跳现象，但据报道疗效不佳。
近来报道用酮替芬（甲哌噻庚酮）1mg，每日2次，连用3个月，精子密度和活动率得到显著改善。己酮可可碱加入到精液中或口服后可使特发性少精子症活力不足的精子增加活力。
