宫外孕中以输卵管妊娠最为多见，因此凡使孕卵在输卵管内停留过久的因素，即可引起输卵管妊娠，也就是导致输卵管妊娠的原因。受精卵着床在输卵管，因输卵管很细，内膜较薄，胚胎长大到一定程度时孕囊包膜破裂发生流产，或受精卵绒毛穿破输卵管发生腹腔内出血，导致病人腹痛甚至休克。
常见的导致输卵管妊娠的原因有输卵管炎和输卵管内膜炎，这些炎症能引起管腔闭塞而导致女性不孕（不孕原因相关咨询）。如炎症较轻，仅有部分内膜皱襞粘连使管腔狭窄，则可使输卵管通而不畅。输卵管周围的炎症可使输卵管与盆腔内其他组织粘连扭曲，引起管壁蠕动减弱，从而影响孕卵的正常运行。
也有部分输卵管妊娠，未发现输卵管有器质性病变，而由功能障碍引起。输卵管除由伞部向子宫方向蠕动外，还有反方向的逆蠕动，致使孕卵在输卵管内运行过久而着床发育。此外，促使精子、卵子结合延迟的因素也是导致输卵管妊娠的原因。排卵后如果输卵管伞端的拾卵作用不良，卵子在腹腔内停留过久，延迟受精时间；或有卵子从一侧卵巢排出，受精后进入另一侧输卵管，导致受精卵发育较大，无法通过输卵管到达宫腔，致使在输卵管内发育而成为宫外孕。
此外，导致输卵管妊娠的原因还有输卵管发育异常、输卵管过长、肌层发育不良、缺乏粘膜纤毛、管壁有憩室、双输卵管口或另有一发育不全的输卵管、输卵管手术后疤痕狭窄以及输卵管良性肿瘤及囊肿、位于子宫底部的子宫肌瘤或子宫内膜异位症压迫输卵管、牵拉输卵管的卵巢囊肿等，均可阻碍孕卵的正常运行，使之在病变部位停留和着床，引起输卵管妊娠。
