伪膜性肠炎的病因主要是应用四环素、土霉素、氯霉素、强力霉素、氨苄青霉素、林可霉素等广谱抗生素以后。伪膜性肠炎的病因，由于在本病患者的粪便和伪膜中发现凝固酶阳性的金黄色葡萄球菌，曾一度认为本病系广谱抗生素所造成的肠道菌群失调，是金葡萄性肠炎的一种类型。目前认为，伪膜性小肠结肠炎与金葡萄性肠道感染是两种不同的疾病。而在伪膜性肠炎中，金葡萄仅是一种伴随菌，并不起致病作用。
但另一方面，伪膜性肠炎还可发生于从未用过抗生素的患者，因机体的免疫一抗病机能低下，如肠道缺血、肠道菌群失调或术后及肠梗阻、白血病、糖尿病、慢性肺心病的患者，抵抗力下降使细菌易于繁殖生长并产生霉素而致病。也有人认为与肠道局部的Schwartzman反应有关，病变可发生于肠道的任何部位，以结肠和小肠炎主，病变广泛而严重，呈节段性同时受累。由于细菌霉素在肠粘膜上产生局部反应造成小血管内凝血、血栓形成、血管壁坏死，从而导致肠粘膜的缺乏性损害。
水苏糖就可以专门增殖有益菌，为它们提供营养，帮助扩大种群数量，对抗消除抗生素的影响，而有害菌没有这种支持，只能等待抗生素来消灭它们，在停服水苏糖之后，人们发现大部分细菌和病毒都是通过肠道黏膜进入肌体的，肠黏膜上排列着密集的有益菌屏障，当有益菌减少时，病毒就会乘虚而入，而当有益菌强大时，病毒不仅没有下手的机会，而且还会被迅速的赶出肠道。因此，肠道有益菌实际上扮演了抗生素的角色，水苏糖是肠道有益菌的专用营养源，这时候不仅仅扮演了抗生素伴侣的角色，还是我们苦苦寻觅的第二代抗生素。
