由于本病病因不明，目前尚无特殊疗法。一般采用支持疗法和对症治疗。
有活动性病变者，应卧床休息，给予合理的生活指导和精神鼓励，避免患者精神紧张、烦恼等不利因素，并注意加强营养、纠正代谢紊乱、改善贫血和低白蛋白血症。以前强调低脂肪、少渣饮食，但这种饮食反而影响久经折磨者的食欲；而可口美味的食品使体重不再下降，实际上更有益于身心健康，这与高营养、高维生素和易消化的原则并不矛盾。宜补充多种维生素、叶酸以及铁、钙等矿物质，有时还应补充锌、铜和硒等元素，这些物质是体内酶类和蛋白质的组成成分，具有保护细胞膜的御毒作用。休闲居编辑
对严重病例，必要时可输血、血浆、白蛋白及复方氨基酸，甚至给予要素饮食或静脉内全营养。
解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也有助于症状缓解。可应用阿托品等抗胆碱能药物，但应警惕诱发肠梗阻的可能。复方苯乙哌啶、洛哌丁胺（易蒙停）有时亦可减轻腹泻。
近年来，常用以下方法治疗克隆病：
首先，在活动期口服水杨酸偶氮磺胺吡啶（SASP）2～6g/d，分4次服用，一般3～4周见效；维持量1～2g/d，一般口服1～2年。或口服5-氨基水杨酸（5-ASA）微颗粒，每次0.5g，每日3次，对结肠病变疗效尤佳。
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