本病治疗关键在于积极控制感染、防止复发、支除诱因、纠正先天或后天尿路结构异常，防止肾功能损害。
1、一般治疗:急性感染时应卧床休息，多饮水，勤排尿，减少细菌在膀胱内停留时间。女孩应注意外阴部清洁，积极治疗蛲虫。
2、抗菌疗法:应早期积极应用抗菌物治疗。药物选择一般根据：①感染部位：对肾盂肾炎应选择血浓度高的药物，而下尿路感染则应选择尿浓度高的药物如呋喃类或磺胺；②尿培养及药物敏感结果；③肾损害少的药物。急性初次感染经以下药物治疗，症状多于2～3天内好转、菌尿消失。如治疗2～3天症状仍不见好转或菌尿持续存在，多表明细菌对该药可能耐药，应及早调整，必要时可两种药物联合应用。
（1）磺胺药：因其对大多数大肠杆菌有较强抑菌作用，尿中溶解度高，不易产生耐药性，价格便宜常为初次感染首选药物。为防止在尿中形成结晶应多饮水，肾功能不全时慎用。
（2）吡哌酸：对大肠杆菌引起的尿感，因其尿排出率高，疗效显著。适用于各种类型尿感。副作用少，可用轻度胃部不适。幼儿慎用。
（3）呋喃坦啶：抑菌范围广，对大肠杆菌效果显著，不易产生耐药性。易致胃肠反应，农宜在饭后服用。亦可配合TMP使用。对顽固性感染需3～4个月连接治疗时更宜选用呋喃坦啶。
（4）氟哌酸；为喹诺酮类全合成广谱抗菌药物，对革兰阴性、阳性菌增色有较强抗菌作用。因其抗菌作用较强，长期应用可导致菌群失调，使用时应注意。一般不用于幼儿。
（5）氨基苄青霉素、先锋霉素：均为广谱抗生素，有较好抑菌作用，常用于尿感的治疗。卡那霉素、庆大霉素虽有较好抑菌作用，但因其肾霉性较大，且对听力也有不良影响，使用时应慎重。
3、积极治疗尿路结构异常:小儿尿路感染约半数可伴有各种诱因，特别在慢性或反复再发的尿感多同时伴有尿路结构异常，必须积极查找，尽早治疗，防止肾实质损害。
