治疗方法衣原体肺炎的治疗原则与一般肺炎的治疗原则大致相同。
1.一般治疗注意加强护理和休息，保持室内空气新鲜，并保持适当室温及湿度。保持呼吸道通畅，经常翻身更换体位。烦躁不安可加重缺氧，故可给适量的镇静药物。供给热量丰富并含有丰富维生素、易于消化吸收的食物及充足水分。
2.抗生素治疗
（1）大球内酯类抗生素①红霉素：衣原体肺炎的抗生素应首选红霉素，用量为50mg/（kg・d），分3～4次口服连用2周。重症或不能口服者，可静脉给药。眼泪中红霉素可达有效浓度，还可清除鼻咽部沙眼衣原体，可预防沙眼衣原体肺炎的发生。②罗红霉素或罗力得：用量为5～8mg/（kg・d），分2次于早晚餐前服用，连用2周。如在第1疗程后仍有咳嗽和疲乏，可用第2疗程。③阿奇霉素（sumamed）：是一种氮环内脂类抗生素，结构与大环内脂类抗生素相似。口服吸收很好，最高血清浓度为0.4mg/L。能迅速分布于各组织和器官。对衣原体作用强。治疗结束后，药物可维持在治疗水平5～7d。t1/2为12～14h，每日口服1次，疗程短。以药物原型经胆汁排泄。与抗酸药物的给药时间至少间隔2h。尚未发现与茶碱类、口服抗凝血药、卡马西平、苯妥英钠、地高辛等有相互作用。儿童（体重10kg以上）第一天每次10mg/kg，以后4d每天每次5mg/kg，1次顿服，其抗菌作用至少维持10天。④甲红霉素（clarithromycin）：在体外对肺炎衣原体内脂类药物治疗肺炎衣原体感染与红霉素同样有效。
（2）磺胺异f唑（SIZ）用量为50～70mg/（kg・d），分2～4次口服，可用于治疗沙眼衣原体肺炎。
3.支持治疗对病情较重、病程较长、体弱或营养不良者应输鲜血或血浆，或应用丙种球蛋白治疗，以提高机体抵抗力。发病原因肺炎衣原体与鹦鹉热和砂眼衣原体有相同的属特异性抗原，而其他特异性抗原血清学特征却不同。通常DNA杂交试验和限制性核酸内切酶分析确认其为不同于砂眼和鹦鹉热衣原体的第三种衣原体。
肺炎衣原体常在儿童和成人中产生上呼吸道和呼吸道感染。现仅知人是该衣原体宿主，感染方式可能为人与人之间通过呼吸道分泌物传播。5岁以下儿童极少受染，8岁以上儿童及青年易被感染，尤其是人群聚集处，如家庭、学校、兵营中易于流行。经血清流行病学调查，证实成人中至少有40%已受到该衣原体感染，大部分为亚临床型。老年人可再次受到感染。
症状轻症可无明显症状。青少年常有声音嘶哑、干咳、有时发热、咽痛等咽炎、喉炎、鼻窦炎、中耳炎和支气管炎等症状，且可持续数周之久，发生肺炎通常为轻型，与肺炎衣原体感染的症状极为相似，并可能伴随肺外表现如红斑结节、甲状腺炎、脑炎和格林-巴利综合征。成年人肺炎多较严重，特别是老年人往往必须住院和呼吸支持治疗。有作者经血清学调查发现肺炎衣原体感染与冠心病之间有关联，但尚须进一步确定。另外，肺炎衣原体感染发生哮喘的机制亦在研讨之中。
肺炎衣原体肺炎的肺部X线检查常显示肺亚段少量片状浸润灶，广泛实变仅见于病情严重者中。大部分患者血白细胞在正常范围。
