但不能准确到达疣体的根部，对无症状感染区域的病毒也无法准确的识别清除，增加了复发的可能性。而合适的外用药物，由于对hpv感染导致的空化的病变细胞有较强的亲和力，所以可以渗透性的优先作用于病变细胞，疣体便容易整体的脱落，大大的减少了残留病毒的数量，在一定程度上避免了物理方式治疗时某些方面的不足，相应的复发率也会明显的降低。
虽然激光或外涂药都可治疗亚临床感染，有效的降低复发率，但激光的过度治疗容易导致疤痕的形成及产生疼痛，不能准确的治疗感染的区域，所以相对来说还是选择外涂药治疗较好，但要注意药物的选择，要避免使用有腐蚀性的药物，否则就会像前面所描述的，患者因腐蚀性药物所带来的疼痛难以忍受而不能坚持治疗，最终还会导致复发。要选择药性温和且疗效好的药物，如尤齐去疣擦剂，因为尤齐去疣擦剂几乎没有任何副作用，不会产生疼痛，所以易于患者坚持用药。用尤齐A可以使疣体不知不觉中完整的脱落（疣体脱落处常有个“小洼”，这个小洼说明某些物理治疗或用手掐掉、用剪刀剪掉等方式所去掉的疣体都是不完全的），然后用尤齐B可以进一步的清除残余的病毒、杀灭萌芽状态的疣体和治疗亚临床感染，所以会最大限度的将病毒清除掉，有效的降低复发率。
不论是激光治疗还是外涂药治疗，都是局部治疗的方式，单纯针对疣体存在的局部及其周围进行治疗就可以有效的且能很大幅度的降低复发率，这说明“疣根”不深，也说明病毒只存在于疣体及其周围的部位，不会进入血液之中，若病毒在血液之中遍布全身各处，采用局部治疗对治疗效果和复发率方面来说是不会有很大改善的。所以说有些患者质疑的“单纯靠局部治疗能去根吗”、“仅仅使用外涂药治疗局部，血液中的疣跟能去掉吗?”、“病毒会在血液中吗”等这些问题就该有个答案了，局部治疗可使复发率大幅度的降低这一点有力的证实了病毒是不存在于血液之中的。
著名的医学专家、前常委会副委员长、中国泌尿外科奠基人之一的吴阶平院士在《泌尿外科学》里关于尖锐湿疣病毒的存在部位提到“与感染者发生性接触，hpv通过皮肤或粘膜的微小损伤进入接触者的皮肤粘膜，hpv刺激表皮基底细胞，发生分裂，使表皮产生增殖性损害。。。。。。只在表皮颗粒层及其上部的细胞中可检测到hpvdna及病毒颗粒。”
