根据病原菌的不同，足菌肿分为两大类：
（一）真菌性足菌肿（eumyceticmycetoma）由条件致病性真菌引起，目前报告的已有16种之多，如马杜拉足肿菌（Madurellamycetomatis）、波氏足肿菌（Pseudallescheriaboydii）等。近年来发现皮肤癣菌如奥杜盎、羊毛样、铁锈色小孢子菌及石膏样、断发、疣状与紫色毛疣菌也可引起足菌肿病变。
（二）放线菌性足菌肿（actinomyceticmycetoma）由放线菌属的巴西奴卡菌（Nocardiabrasilliensis）和马杜拉放线菌（Actinomaduramadurae）等8种引起。
病原菌不同还表现在颗粒大小、硬度和颜色的不同，如马杜拉足肿菌颗粒一般0.5mm大小，无菌鞘，质硬，黑色;而波氏足肿菌颗粒1mm大，有菌鞘，质软，黄白色;马杜拉放线菌颗粒一般大于0.5mm，质软，有菌鞘，黄白色;而巴西奴卡氏菌颗粒0.5mm大，可有菌鞘，质软，色白;只有白利梯足肿菌颗粒为红色。上述致病菌除伊氏放线菌外都存在于土壤，也是植物的致病菌。人因工作或生活接触这些致病菌，通过破损的皮肤而引起感染。与其他同类真菌病一样，传染途径通过皮肤者，损害常为局限性。
