1.病变性质不同：脑出血是脑内动脉血管破裂出血，在脑实质内形成血肿;脑血栓是脑内动脉血管闭塞导致脑组织缺血而坏死，形成软化灶。
2.发病诱因不同：脑出血多因情绪激动、过度紧张、或用力过猛等诱因，引起血压骤然升高，使脑内动脉血管破裂出血;而脑血栓常因血压过低，或汗出过多等导致血液浓缩、血粘度增高、血流缓慢而诱发。
3.发病情况不同：脑出血大多在活动状态下急性起病，病势较凶猛;而脑血栓常在安静状态下如睡眠中起病，起病较脑出血相对缓慢。
4.病情轻重不同：通常脑出血病情大多较严重，不少病人甚至出现昏迷、二便失禁等危重症状;而脑血栓则相对病情较轻，神志多清楚，多无二便失禁。
5.体征不完全相同：脑出血和脑血栓均可以发生偏瘫，但脑出血也可以出现四肢瘫，或轻瘫，或单瘫，或不瘫，如小脑出血就不发生瘫痪。而脑血栓多发生于颈内动脉系统，一般均出现瘫痪。
6.脑CT表现不同：脑出血表现为脑组织内高密度改变，脑血栓则为低密度改变。
