流行性出血热的病死率一般在5%～10%左右，重型病人的病死率仍较高。主要死亡原因是休克、尿毒症、肺水肿、出血(主要是脑出血和肺出血等)。近年来，由于治疗措施的改进，因休克、尿毒症、肺水肿等而死亡的病例逐渐减少，而死于出血的病例相对增多。
