急性鼻咽炎容易与这两类疾病混淆：
1.流感
从发病时间来看，流感多发于冬春季，而急性鼻咽炎则是全年都有发病可能，只是夏季不常见，以冬春秋为主要发病季节。
从临床症状来看，流感症状较严重。有全身中毒现象，并且伴有高热，往往会持续三五天，全身症状严重，头痛、乏力、鼻塞、喷嚏、咽痛、咳嗽、胸部不适等。并且还可以并发肺炎、支气管炎等并发症，严重者甚至威胁生命。而鼻咽炎虽然也是有鼻塞、喷嚏、咽痛、头痛的症状，但是全身症状是很轻的，发热者也少，部分患者有咳嗽及胸部不适，一般不会有并发症发生。
2.鼻腔疾病
（1）过敏性鼻炎
过敏性鼻炎症状主要是鼻塞、喷嚏、头痛、流涕、鼻痒等，较明显的区别在于过敏性鼻炎经常是季节性或常年性打喷嚏。这些特征和嗜酸性粒细胞在鼻分泌物中增加可以帮助过敏性鼻炎和急性鼻咽炎的区分。
（2）血管舒张性鼻炎
血管舒张性鼻炎患者一般没有过敏史，症状主要是清涕、喷嚏，空气干燥能够加重病情，发作快，消失也快，与鼻咽炎较容易区分。
（3）萎缩性鼻炎
虽然症状上有相似之处，但是萎缩性鼻炎经常会伴有恶臭，因此，也很容易鉴别区分。
（4）鼻息肉、鼻中隔偏曲
急性鼻咽炎与这两种疾病的鉴别诊断，通过鼻镜检查既可以轻松做到。
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