内源性抑郁症的病因目前还不十分清楚，可能与心理社会因素、遗传因素、神经内分泌和中枢神经递质功能异常有关，可参见有关内容。这些因素错综复杂，相互交织，因人而异，所幸多数情况下并不妨碍医生对该病的诊断和采取有效治疗措施。
治疗内源性抑郁症的治疗方法：药物治疗。目前仍把三环类抗抑郁药作为治疗抑郁症的一线药。第二代非典型抗抑郁药为第二线药。各种三环类抗抑郁药疗效不相上下，临床可根据抑郁及镇静作用强弱、副作用和患者的耐受情况进行选择。丙咪嗪和去甲丙咪嗪镇静作用弱，适用于精神运动性迟滞的抑郁患者。阿米替林、多虑平镇静作用较强，可适用于焦虑、激越和失眠患者。但三环类药物抗胆碱能和心血管副作用较大，应用时需注意。第二代非典型抗抑郁剂种类很多，以选择性5-HT再摄取抑制剂氟西汀、帕罗西汀、舍曲林，其应用较广，且副作用小，安全性能较好，有利用长期维持治疗。
双相抑郁的治疗和单相抑郁一样，但双相患者应用抗抑郁药有可能转为轻躁狂，故常将抗郁药和碳酸锂合作应用。
对于伴有幻觉、妄想的抑郁症患者，往往需合用抗精神病药，如奋乃静、舒必利等。
内源性抑郁症的治疗方法包括物理治疗。通过提高5-HT的分泌量，促进去甲肾上腺素的释放，增强神经细胞活动的兴奋性，从而起到缓解个体抑郁情绪的效果。通过促进分泌具有镇静作用的内啡肽，能够使患者保持一种放松、舒适的精神状态，有利于更好地缓解之前消极、沮丧的情绪状态。另外通过对患者脑电波的改善和各项生理指标的改善，起到对抑郁患者的各项躯体症状的改善作用。
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