吸收不良综合征的治疗原则是病因治疗、纠正营养缺乏和必要的代替疗法。应积极寻找病因，病因一旦明确即给予病因治疗。如病因能够去除，吸收不良状态可以自然纠正。在寻找病因的同时，营养支持疗法也很重要。
（一）病因治疗
有时病因治疗可取得非常好的效果。如对乳糖不耐受症患者饮食中避免乳制品，对乳糜泻患者给予无麦胶饮食，小肠细菌过度生长或肠道感染者给予抗生素治疗，炎症性肠病者应用糖皮质类固醇或氨基水杨酸制剂，胃泌素瘤患者给抑酸剂和手术切除肿瘤等。
（二）营养支持治疗
在检查和治疗病因的同时，应积极补充各种营养素。一般在饮食上给予高蛋白质、低脂肪食物。控制脂肪摄入量可减轻脂肪泻。脂肪量减至每日正常摄人量的50％，大约为30—35g为宜。
必要时可口服中链甘油三酯（MCT），它比正常饮食中的脂肪更易被脂肪酶水解，但价格较贵，味道不佳，而且剂量大时可导致腹泻。蛋白质摄入量根据患者具体情况可增加到1.2～1.5g/d（kg.d）。除了给予足够的量以外，还应注意到质，即补充必需氨基酸。每日总热量供应可为每公斤体重0.146kJ.对于维生素、矿物质和微量元素缺乏的患者应给予补足，能口服的尽量口服。有贫血者应相应补充铁剂、叶酸和维生素B12脂肪泻者通常要补充脂溶性维生素和钙。
病情较轻且病因能去除者，一般可经口服或鼻饲胃肠道营养支持（或称要素饮食）。如病情较重有明显消瘦和衰竭或病因难以去除或无法在短期内去除者，除饮食治疗外，应配合静脉补充葡萄糖、氨基酸、脂肪乳剂、维生素、电解质和微量元素，必要时给予全胃肠外营养支持（TPN）。腹泻频繁者可予口服止泻药对症治疗。
（三）替代疗法
主要是对胰源性消化不良。治疗需要补充胰酶。各种胰酶制剂的脂肪酶、蛋白酶、淀粉酶的含量不同，可根据病情选择，使用时要与进餐同服，并根据症状调整剂量。
