包括原发病的症状和吸收不良的症状两个方面。后者的临床表现为：
1.腹泻常为主诉，由未被吸收的物质造成。糖吸收不良导致渗透性腹泻。当脂肪吸收不良，脂肪酸特别是经肠道细菌作用后形成羟化脂肪酸，刺激肠道分泌大量水、电解质导致分泌性腹泻。回肠功能障碍或回肠切除术后造成胆盐吸收障碍，大量胆盐进入结肠，也可刺激结肠水电解质分泌导致分泌性腹泻。脂肪吸收不良所致的典型腹泻，表现为大容量、腐臭味、浅黄或灰白色稀水样便或糊状便，表面常飘浮油脂层，称脂肪泻（steatorrhea）。但轻度脂肪泻可无明显大便改变。
糖类在肠内发酵可致腹胀。水分吸收缓慢可导致夜尿增加。肠鸣常见。腹痛不常见，慢性胰腺炎、肠梗阻、肠道炎症可有腹痛。
2.体重减轻、乏力、水肿体重减轻、乏力为主要全身症状，由营养物质吸收不足伴食欲不振引起。低蛋白血症时可出现水肿，是由蛋白质吸收不良引起。有些疾病伴有肠腔血浆蛋白严重丢失，低蛋白血症特别明显。
3.维生素和矿物质缺乏的表现贫血（铁、叶酸、维生素B、缺乏）；出血倾向（维生素K缺乏）；手足搐搦和骨质脱钙（维生素D、钙、镁缺乏）；周围神经病、舌炎、口角炎（维生素B族缺乏）；夜盲、皮肤粗糙和过度角化（维生素A缺乏）。
