伪膜性肠炎的发病机理主要是菌群失调。在正常情况下，人体肠道内寄生着许多种细菌，组成正常菌群。正常菌群中各种细菌的种类和数量有一定的比例关系，它们之间互相拮抗、制约和依存，使肠道形成了一个比较稳定的生态环境，不但对人体无害，而且对消化和营养有利。
但当滥用抗生素时，在杀灭或抑制致病菌的同时，往往也会抑制肠道正常菌群的生长繁殖，导致肠道生态平衡失调，结果产生大量内外毒素，使肠道和全身出现严重中毒反应，从而发病。
当发生伪膜性肠炎时，应当立即停用原来的抗生素，如果病情需要可改用其他抗生素。同时适当补液纠正水电解质紊乱，恢复肠道菌群的生态平衡，并积极治疗原发病。
