潜伏期12～36h最短为2～6h长者可达8～10天中毒剂量愈大则潜伏期愈短病情亦愈重。
起病突然病初可有头痛头昏眩晕乏力恶心呕吐（E型菌恶心呕吐重A型菌及B型菌较轻）；稍后眼内外肌瘫痪出现眼部症状如视力模糊复视眼睑下垂瞳孔散大对光反射消失口腔及咽部潮红伴有咽痛如咽肌瘫痪则致呼吸困难肌力低下主要见于颈部及肢体近端由于颈肌无力头向前倾或倾向一侧腱反射可呈对称性减弱。
植物神经末梢先兴奋后抑制故泪腺汗腺及涎腺等先分泌增多而后减少血压先正常而后升高脉搏先慢后快常有顽固性便泌腹胀尿潴留病程中神志清楚感觉正常不发热轻者5～9日内逐渐恢复但全身乏力及眼肌瘫痪持续较久。
