腺瘤的组织发生，尚不十分清楚。最初Lane表明深部隐窝细胞随着向表面的迁移、不典型增生逐渐发展。这些腺瘤上皮与隐窝深部上皮组化反应的一致性有力支持腺瘤起源于隐窝深部的可能。腺瘤起源的另一个假说是1986年Urbanskl等描述的嗜酸性上皮，他们发现在这种病变中，陷窝含杯状细胞减少，并被一层嗜酸性的细胞衬附。
嗜酸性上皮常位于腺瘤上皮附近，并见两者有移行现象。但是其它一些作者发现在缺乏腺瘤性腺体的病变亦可见到嗜酸性隐窝的存在。还有一些作者注意到肠粘膜淋巴滤泡的作用，这些滤泡常紧邻腺瘤上皮，已发现它们与人类及实验动物腺瘤的发生有关。
