如果在腹泻病人粪便中查得本虫卵囊即可确诊。由于未染色的卵囊无色透明，且易与标本中的非特异性颗粒相混淆，故需采用染色方法进行确诊。具体方法有：
1、白色略带有绿色的荧光，中央染淡，似幻环状。
2、改良抗酸染色法 染色后，标本的背景呈蓝绿色，卵囊为玫瑰红色，可见内部结构。本法缺点为经染色后，标本中存在的非特异性宏观抗酸颗粒易与卵囊相混淆，难以鉴别。
3、金胺酚该娘抗酸染色法 用本法可克服上述染色法的缺点。本法先用金胺酚染色后，再改用改良抗酸染色法复染。用光学显微镜观察，卵囊同抗酸染色所见但非特异性颗粒被染成蓝黑色，两者颜色截然不同，极易鉴别，使检出率和准确性大大提高。
4、免疫学诊断方法 有荧光标记单克隆抗体法和酶联免疫吸附试验。此二法均有市销售试剂盒。两者均有高度的特性和敏感性。
此外，国外已有用PCR法检测粪便标本中卵囊的报道。
