治疗取决于病情的严重程度和感染部位，若在培养中意外发现梭状芽胞杆菌而无厌氧菌感染的临床表现则不必治疗。但若出现临床感染则应凭经验迅速及时地应用抗生素。
彻底引流和清创常比抗生素更重要，青霉素G仍是抗梭状芽胞菌的首选药物，对严重蜂窝织炎和肌肉坏死症应立即给1000万~2000万u/d静脉滴注。虽然耐药性罕见，但某些分枝梭状芽胞杆菌菌株已发生相对耐药性。治疗梭状芽胞杆菌感染时，甲硝唑有相同的疗效。而氯霉素和甲硝唑对大多数厌氧菌有效，包括梭状芽胞杆菌和某些对红霉素，四环素和克林霉素耐药的菌株。若存在其他厌氧菌或需氧菌，则应早期应用广谱抗生素（如替卡西林与克拉维酸钾合用或氨苄青霉素与舒巴坦合用）。第3代头孢菌素或克林霉素与氨基糖苷类合用可用于某些梭状芽胞杆菌混合感染，但这些抗生素的疗效相对差些，并且梭状芽胞杆菌已对氨基糖苷类产生耐药性。
对伤口肉毒中毒，早期给特异性或多价抗毒素（参见第28节肉毒中毒）是有价值的。
高压氧治疗对广泛肌肉坏死症（特别是肢体的）可能有帮助，可作为抗生素和外科手术治疗的补充疗法。高压氧疗法似乎有潜在的组织抢救作用，若早期进行高压氧治疗可降低病死率和发病率。
