治疗以手术为主，对单发的乳管内乳头状瘤应切除病变的乳管系统。术前需正确定位，用指压确定溢液的乳管口，插入钝头细针，也可注射美蓝，沿针头或美蓝显色部位作放射状切口，切除试乳管及周围的乳腺组织。并常规进行病理检查，如有恶变应施行乳腺癌根治术。对年龄较大、乳管上皮增生活跃或渐变者，可行单纯乳房切除术。乳管内乳头状瘤一般认为属良性，但恶变率为6％一8％，尤其对起源于小乳管的乳头状瘤应警惕其恶变的可能。
通常认为，乳管内乳头状瘤属良性，但6～8％的病例可发生恶变，故应早期手术治疗。手术时，可先循乳头溢血口插入细探针，尔后沿探针切开乳管，寻找肿瘤，予以切除；或可经探针注入少许美兰注射液，然后依染色所示的乳管分布范围和方向，作腺体的楔形切除，切除病变乳管及其周围组织；年龄较大的患者，可考虑行患乳单纯切除。切除标本应送病理检查，如见有恶变应按乳癌处理。
一般认为，本病无有效治疗药物，以手术治疗为主。
