该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断，是一种新型变种流感病毒，可以人传染人，目前尚无证据证明与接触生猪有关，不能说明甲型H1N1病毒是由猪传染给人的。
通常根据病毒抗原特性及其基因特性的不同，流感病毒分为甲、乙、丙三型。根据流感病毒感染的对象，又可分为人类流感病毒、猪流感病毒、马流感病毒以及禽流感病毒等类群。甲型流感抗原变异性最强，感染人类和其他动物，引起中、重度疾病，常引起世界性大流行。甲型流感病毒根据H和N抗原不同，又分为许多亚型，H可分为15个亚型（H1～H15），N有9个亚型（N1～N9）。其中仅H1N1、H2N2、H3N2主要感染人类，其它许多亚型的自然宿主是多种禽类和动物。
之所以起初将此次流感称为人感染猪流感，是因为猪可以同时携带禽流感、人流感和猪流感三种病毒，病毒在猪体内复制的过程中，可能发生基因重组形成新病毒。
而此次发现的甲型H1N1流感病毒恰恰包含有猪流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断，是一种新的变异病毒，理论的推测让猪成了此次疫情暴发的一大“嫌疑犯”。但目前发现此次流感只是在人与人之间传染，并没有发现与猪有关系的任何证据，所以世界卫生组织以及我国政府都将此次流感确定为甲型H1N1型流感，不再称其为人感染猪流感。
