早期生殖器溃疡与肛门病损害应与软下疳及梅毒的硬下疳和扁平湿疣鉴别：慢性溃疡或瘢痕性病变应与性病性淋巴肉芽肿鉴别。
腹股沟肉芽肿，又叫热带腹股沟肉芽肿、第五性病，腹股沟肉芽肿与“性病性淋巴肉芽肿”容易混淆，但两者病因不同、症状也不同。本病的病原体是肉芽肿荚膜杆菌，可引起外生殖器等处皮肤及粘膜发炎并形成溃疡，腹股沟肉芽肿是一种慢性、进行性传染病。腹股沟肉芽肿主要通过性交传染，但也可通过接触和阴虱传染。
感染肉芽肿荚膜杆菌后，经过10-40天的潜伏期，就会出现症状，病损多发生在外生殖器、会阴、肛门、腹股沟等处，尤以多毛部位最易发生。最初是发硬的皮疹、结节和水疱，并迅速形成溃疡，流出很臭的脓液。溃疡不断扩大加深，使外生殖器受到严重破坏，甚至造成生殖功能残疾。本病有3个明显特点：一是病损附近的淋巴结不肿大；二是虽发生溃疡但不引起疼痛；三是溃疡表面呈牛肉红色，边缘卷起来呈堤状，高出表面，与周围分界清楚。
