慢性腹泻主要针对病因进行治疗。若腹泻严重、体质虚弱的非感染性腹泻，常用止泻剂对症治疗，以减少腹泻次数。中医认为本病与脾虚的关系最为密切，脾虚失运，水谷不化精微，混浊内生，谷反为滞，水反为湿，混杂而下，并走大肠，而为泄泻。若平时脾胃素弱，复因情志失调，以致肝气郁结，横逆乘脾，运化失司，也可形成泄泻，若久病之后，损伤肾阳，或年老体衰，阳气不足，脾失温煦，运化失常，也可导致泄泻。但肝肾所致的泄泻，也多在脾虚的基础上产生的，故云“泄泻之本，无不由于脾胃。”
一般来讲，引起小儿慢性腹泻的原因有三。首先，一些宝宝营养比较差，胃酸及消化酶的分泌量较少，影响了他的消化功能（多见于人工喂养的宝宝）。这类患儿常出现急性腹泻，但是由于家长没有为其进行科学彻底的治疗，因而转为慢性腹泻。其次，有的孩子因长期应用抗生素，在杀菌消炎的同时把肠道内的“正常”菌群统统杀灭。由于缺乏“正常”细菌，导致病菌在患儿体内大量繁殖，加重腹泻。再者，部分患儿对食物（如牛奶中的蛋白质）过敏导致患儿久泻不愈。对于久泻不止的患儿，家长可在医生指导下根据其粪便性状与表现辨证选药治疗。
有一些宝宝腹泻时大便清稀、色白、无臭味，此类患儿多表现为营养吸收差、体质虚弱、体形瘦小，这主要是由于脾胃虚弱导致运化失常造成的，可在医生指导下选用参苓白术散。如果宝宝吃不下草药的话，一些中成药效果也非常明显，如健脾止泻散、理中散、白术散等。还有部分患儿大便黄、有臭味、有黏液，患儿在便前会哭闹不止、部分还会出现发热症状。中医认为此类患儿多为“伤食泻”或“湿热泻”，因此治疗应以清热利湿、消食止泻为主，可选用苍术、茯苓、黄芩等中草药，或者苍苓散、六一散、香连散等颗粒剂。
