男子性高潮来临而射精时，在腰骶部脊髓内射精中枢支配下，附睾、输精管、精囊及前列腺等器官的肌肉收缩，把各器官中的液体排到后尿道，膀胱颈部关闭，会阴部肌肉球海绵体肌及坐骨海绵体肌阵发性收缩把精液射出尿道。
正常情况下射精不仅不痛，而且使人感到有一种性快感，这也是男子在性交中所追求的享受之一。如果上述器官任何一处发生障碍，都会导致射精疼痛。
引起射精疼痛的原因主要有器质性和功能性二个方面：
1)器质性：最常见的是精道的炎症，如附睾炎、前列腺炎、精囊炎、精阜炎、后尿道炎等，射精时的肌肉收缩引起疼痛。后尿道结石、尿道狭窄排精时受阻也可引起疼痛。
2)功能性：性交次数过频、新婚纵欲过度，尤其是白天性交后，会阴部或阴囊内酸痛。
3)生殖器官炎症：男性下尿路感染是导致射精疼痛最常见的原因。患有膀胱炎、尿道炎、前列腺炎，射精时，这些器官的肌肉发生节律性收缩，对炎症病灶是一种机械刺激，以致引起剧烈疼痛。有的患者还会发生疼痛性遗精。