口咽部易遭受病菌的侵袭而发炎，这些细菌可能是外界侵入的，亦可能隐藏于扁桃体隐窝内。正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和粘液腺不断分泌，可将细菌随同脱落的上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。当机体因寒冷，潮湿，过度劳累，烟酒过度等原因造成抵抗力下降，细菌繁殖加强，扁桃体上皮防御机能减弱，腺体分泌机能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。
扁桃体充血一般发生于扁桃体炎。当扁桃体发生炎症的时候，咽部检查见扁桃体充血、肿大，脱落上皮、淋巴细胞及细菌会堆积在隐窝开口处，此时扁桃体表面就会出现点状豆渣样物。