激素因素（35%）：
子宫内膜，是指构成哺乳类子宫内壁的一层，对动情素和孕激素都起反应，因此可随着性周期发生显著的变化，妇科专家指出，动情素可引起子宫肥大，孕激素可促使子宫内膜发生特殊的妊娠初期变化，或改变子宫内膜的性质，使之具有产生蜕膜的能力。因此，内分泌严重失调就会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。
医源性因素（25%）：
人工流产是子宫内膜薄的最主要因素，专家指出，多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄，甚至有的患者做完人流手术后就没有来过月经，这说明，人流手术严重伤害了子宫内膜，造成子宫内膜薄。妇科专家指出，因为人工流产造成的子宫内膜薄一般需要很长时间恢复，有的患者甚至无法恢复，因此，专家特别提醒患者一旦人流后月经没有按期来，就一定要就诊检查。
先天发育因素（15%）：
子宫发育急性也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略，临床上，有的患者的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种因先天性畸形造成的子宫内膜薄一般临床上很难治疗。