伤乳（30%）：
伤乳，出《丹溪心法》。即乳积，乳积指1岁以下小儿因伤乳所致的积滞。有哺乳不当史。其临床表现以不思纳乳，食而不消，吐出物或泄下物夹未消化奶瓣，且有馊臭气，腹胀腹痛，可伴发热、口渴、口疮、身渐瘦等。
脾胃受损（20%）：中医认为人体的气血是由脾胃将食物转化而来，故脾胃乃后天之本。然而生活中的饮食不节、过食肥腻、忧思过度、偏食偏嗜、饥饱不均等都可能伤及脾胃。
综合因素（30%）：
西医目前认为是多因素综合作用的结果，如胃肠运动功能障碍、内脏高敏感性、胃酸分泌异常、Hp感染、精神心理因素等。
功能性消化不良的发病机制尚不清楚。黏膜免疫和炎症功能改变以及、中枢神经(CNS)、脑肠轴及肠神经(ENS)调节功能改变。