口咽部疾病（20%）：
口咽炎(病毒性，细菌性)，口咽损伤(机械性，化学性)，咽白喉 ，咽结核，咽肿瘤，咽后壁脓肿 等咽喉部疾病均可引起吞咽障碍，多数经耳鼻喉科治疗后，吞咽梗阻感能得到改善或解除。
食管疾病（25%）：
食管炎(细菌性，真菌性，化学性)，食管良性肿瘤(平滑肌瘤，脂肪瘤 ，血管瘤 等)，食管癌 ，食管异物 ，食管肌功能失调(贲门失弛缓症 ，弥漫性食管痉挛 等)，甲状腺极度肿大等，其中食管癌是重要病因。
神经肌肉疾病（20%）：
延髓麻痹，重症肌无力 ，有机磷杀虫药中毒，多发性肌炎 ，皮肌炎 ，环咽失弛缓症等。
其他全身性疾病（20%）：
狂犬病 ，破伤风 ，肉毒中毒 ，缺铁性吞咽困难 (Plummer-Vinson综合征 )等。
发病机制
吞咽是一种复杂的反射性动作，是口咽部随意肌群的收缩，食管括约肌的松弛以及食管肌节律性蠕动等一系列有顺序而协调的动作，将进食的流质或食团排进胃内，吞咽动作受延髓等高级神经中枢支配，Ⅸ，Ⅹ，Ⅻ脑神经对吞咽尤为重要，吞咽困难可分为机械性与运动性两类。
1.机械性吞咽困难
机械性吞咽困难是指吞咽食物的腔道发生狭窄引起的吞咽困难，以食管腔狭窄为主，正常食管壁具有弹性，管腔直径可扩张4cm以上，各种炎性与梗阻性疾病使管腔扩张受限时就能出现吞咽困难，这类吞咽困难在临床上常见，例如食管受到化学性灼伤后，因瘢痕形成等原因可使食管腔高度狭窄而致吞咽困难;食管癌时可因癌肿浸润，堵塞食管腔而致食管狭窄，表现为进行性吞咽困难。
2.运动性吞咽困难
运动性吞咽困难是指随意控制的吞咽动作(始动因素)发生困难和(或)随后一系列反射运行障碍而发生的吞咽困难，包括支配吞咽动作的神经中枢受损害和参与吞咽的肌肉的器质性损害或功能失调，最常见的是各种原因导致的延髓性麻痹 (球麻痹)，食管吞咽肌麻痹 等。