发病原因：
其病源为沙眼衣原体，衣原体肺炎是由衣原体引起的肺炎，衣原体有沙眼衣原体(CT)、肺炎衣原体(CP)鹦鹉热衣原体和家畜衣原体。与人类关系密切的为CT和CP，偶见鹦鹉热衣原体肺炎。
发病机制：
沙眼衣原体包括15个血清型，引起人类沙眼(A，B，Ba和C)，性病淋巴肉芽肿(11，12和13)，包涵体性结膜炎 ，生殖道感染(此在发达国家被认为系最常见的性传播疾病)，以及新生儿肺炎 (D-K血清型)，沙眼衣原体男性生殖道感染主要表现为非淋球菌尿道炎 ，附睾炎 ，Reiter综合征 ;女性表现为宫颈炎，子宫内膜炎和盆腔炎 ，分娩时胎儿通过沙眼衣原体感染的宫颈可感染新生儿肺炎和新生儿包涵体性结膜炎，在极少数情况下，沙眼衣原体也引起免疫缺陷成人患者的呼吸道感染，甚至正常成人的社区获得性肺炎。