胚胎发育阶段腔化不全 （30%）：
正常肠道发育经过管腔开通，上皮细胞增殖和再度腔化3个阶段，当胚胎肠管在第2或第3个月中发育出现障碍，发生空泡但彼此融合不全，则形成肠管狭窄。
胎儿时期肠管血液循环障碍 （25%）：
如胚胎10～12周中肠由脐囊还纳入腹腔时，遭遇脐环过早收缩，致小肠血液循环不良;小肠营养血管发育缺损或分支畸形等亦可使致小肠发育障碍，发展成肠管狭窄。
发病机制：
最常见的狭窄部位是十二指肠下段，肠腔狭窄程度不一，肠管并未失去其连贯性，在十二指肠肠腔内黏膜有一环状增生，肠腔阻塞较轻，但该处没有扩张功能，病程发展较慢，近端肠段日久形成巨大十二指肠，有些为隔膜型，中央有较大的孔隙;也有些十二指肠狭窄在胆总管胰壶腹附近有一缩窄段。
组织切片镜检，可见狭窄带由黏膜及纤维性变黏膜下组织构成，近侧肠段扩张但不引起缺血，坏死及穿孔。