环境原因：
环境的或职业性地暴露于铅、一氧化碳或某一化学物质。使用某些药物或过量酒精摄入。缺乏睡眠、应激、或激素改变。停用某些抗忧郁和抗焦虑药物。
遗传原因：
在不同的家族里已发现有许多类型脑炎后遗症，并且有些家族被检测出某一特殊基因异常。这些基因异常可导致人体内钙、钾、钠以及其他其他化学物质代谢细微的改变。遗传因素通常不是直接引发脑炎后遗症因，但会间接影响疾病发展。基因能影响患者药物代谢途径，或者可导致大脑局部神经元畸形。
颅脑损伤：
颅脑损伤可以导致脑炎后遗症发作，如果颅脑损伤较严重，发作可能在近几年就会发生。而如果损伤是轻微的，发作的危险就会比较小。
其他疾病：
引起脑损害的疾病往往也是脑炎后遗症的原因。有时通过治疗原发病可以阻止脑炎后遗症发展。但也有病例，原发病治愈后仍继续发生发作。发作是否能停止取决于原发病的类型、受侵袭脑组织的部位以及脑损害的程度。
产前损伤：
对于胎儿而言，大脑的发育对产前损伤是十分敏感的，怀孕的母亲曾经患有感染、饮食不当、吸烟或者滥用药物及饮酒都会导致产前损伤。