性传播因素（65%）：
本疾病主要通过性行为传播。男性尖锐湿疣病毒(人乳头瘤病毒)HPV在皮肤上引起疣赘、在咽部、肛周、男性生殖器粘膜上形成增殖性病变，其病毒型为小型DNA病毒。
生活因素（30%）：
吸烟也是尖锐湿疣的独立危险因素。研究表明，吸烟者尖锐湿疣的发病率比不吸烟者高3倍多，且发病率随烟龄和日吸烟支数的增加而增加，同时吸烟能促进尖锐湿疣复发。饮酒影响了机体T淋巴细胞的活性，抑制了机体的免疫力。同时酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲，增加高危性行为，在一定程度上增加了尖锐湿疣的发生和复发。
药物因素（5%）：
小部分患者该症状的发生和使用过免疫抑制剂有关。
男性HPV为乳多空病毒科A属成员，病毒颗粒直径50-55nm无被膜的正20面体构成的病毒壳体，具有7900碱基对的环状双链DNA组成，电镜下病毒颗粒的大小、形态与口多瘤病毒极为相似。乳头瘤病毒(PV)具有种属特异性，HPV尚未能在组织培养或实验动物模型中繁殖。
部分患者和使用过免疫抑制剂有关。