心源性疾病（50%）：
占60%~75%, 常见病因为慢性心房颤动 ，栓子主要来源是风湿性心瓣膜病，心内膜炎赘生物及附壁血栓脱落等，以及心肌梗死 ，心房粘液瘤，心脏手术，心脏导管，二尖瓣脱垂和钙化，先天性房室间隔缺损(静脉反常栓子)等。
非心源性疾病（5%）：
如动脉粥样硬化斑块脱落，肺静脉血栓或凝块，骨折 或手术时脂肪栓和气栓，血管内治疗时血凝块或血栓脱落等;颈动脉纤维肌肉发育不良(女性多见);肺感染，败血症 ，肾病综合征 的高凝状态等可引起脑栓塞 。
栓子来源不明的栓子（30%）：
约30%的脑栓塞。