1.硬皮病 患者57%有小肠受累，小肠病理变化有平滑肌萎缩，粘膜下层，肌层和浆膜层斑片状胶原纤维沉积，粘膜固有膜有慢性炎细胞浸润。
2.皮肌炎 时小肠有不同程度的扩张及分节变化，伴低动力和通过时间延长，肉眼可见肠壁水肿 ，增厚，镜检示多处粘膜糜烂，粘膜下层水肿，肌层萎缩和纤维化伴淋巴及浆细胞浸润，肠管粘膜下层至浆膜层小动脉，小静脉内膜增厚易有血栓形成 及管腔闭塞。
3.系统性红斑 狼疮的肠道损害主要是血管炎的结果，表现为纤维蛋白样变性，血栓形成，出血和缺血，主要侵犯肠道粘道下层，肌层和肠系膜小动脉，小静脉。
4.结节性多动脉炎 可累及肠道的任何部位，但主要侵犯肠系膜中，小动脉及粘膜下层和肌层小动脉，其次为小静脉，损害呈节段性分布，管壁各层均被累及，组织学特点为纤维蛋白样变性，坏死及血栓形成，伴有炎性细胞浸润。
5.类风湿性关节炎 也可并发小肠吸收不良，脂肪泻和选择性乳糖耐受不良，吸收不良是因并发小肠淀粉样变性 所致，还可伴胃肠道蛋白质丢失。