组织化生（65%）：
基底细胞瘤可能从原始上皮性胚芽细胞衍生而来，主要由间质依赖性多潜能基底样细胞组成，向表皮或附属器分化的低度恶性肿瘤。往往可发生于慢性放射性皮炎基础上，在长期X线接触的部位发生放射性皮炎处易产生基底细胞瘤。在烧伤瘢痕和其它瘢痕，以及某些错构瘤，如皮脂腺痣，疣状表皮痣等亦可作为基底细胞瘤的发生处。
其他因素（35%）：
本病发生虽无明显原因，但与几个因素有关，好发于头皮，面部等暴露部位以及多见于户外工作和浅色皮肤者，与长期日光曝晒有关。长期摄入无机砷或含砷较高的饮水，食物等亦可发生此肿瘤。