可分为先天性会厌囊肿和后天性会厌囊肿。前者也称之为喉粘液囊肿，病因为喉小囊扩大并充满粘液所致。后者常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿，其常见病因为喉慢性炎症、机械刺激和创伤引起。
先天性因素（30%）
会厌囊肿可分为先天性会厌囊肿和后天性会厌囊肿。先天性会厌囊肿常因喉先天性畸形疾病造成。也称之为喉粘液囊肿，病因为喉小囊扩大并充满粘液所致。
感染（40%）
后天性会厌囊肿常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿，其常见病因为喉慢性炎症引起会厌粘膜粘液腺管阻塞。多发生于会厌谷、会厌舌面和会厌游离缘，可能因为这些部位粘液腺体丰富。喉的其他部位也可发生但很少见。
创伤（20%）
会厌囊肿也可由机械刺激和创伤引起。