(一)发病原因
本病的病因尚无定论，鉴于本病合并有系统性红斑 狼疮，皮肌炎 和系统性硬化症的混合表现，故对本病是一种独立疾病还是同一种疾病的不同亚型，尚有争议，但总的说来以自身免疫学说为公认，即可能是在遗传免疫调节功能失调的基础上，对自身组织损坏，退化和变异的成分出现自身抗体，从而引起免疫病理过程，其理由为：①本病与自身免疫疾病中系统性红斑狼疮 ，皮肌炎和系统性硬化症有很多共同表现，②测得敏感而特异的高滴度的抗RNP抗体，表皮基底膜处有Ig沉着，免疫荧光学检查有与系统性红斑狼疮相似的斑点型抗核抗体，③抗核抗体几乎全部阳性，而且其他血清抗体如类风湿因子，抗核因子等也有部分阳性，④在自身免疫病的代表性疾病系统性红斑狼疮的肾脏病变处，部分患者可查出抗RNP抗体。
(二)发病机制
关于本病的发病机制主要有如下学说：
1.遗传家族分析证明，凡是带有人白细胞抗原-B8(HLA-B8)者，均容易发生混合性胶原病，而且其抑制性T淋巴细胞(T8细胞)功能低下，有人认为B8可能是免疫反应控制失调的标志，抑制性T淋巴细胞与免疫反应基因控制有关，当T淋巴细胞功能低下时，免疫反应基因即失去控制，结果导致体内免疫失调(体液免疫和细胞免疫失调)，当抑制性T淋巴细胞功能低下时，可引起体液免疫亢进，细胞免疫低下，T8细胞还可抑制自身免疫的反应性，它的功能一旦缺损，就可出现自身抗原抗体反应，形成免疫复合物，抗原过剩形成的可溶性免疫复合物，又可随血液循环而到达身体其他脏器，并在那里沉淀和引起组织损伤。
2.病毒感染
病毒感染导致自身免疫功能障碍的机制可能有以下3个方面：
(1)受病毒感染的T细胞细胞毒作用增强，导致组织细胞破坏。
(2)病毒感染的T细胞功能受抑制，导致增强的B细胞产生抗体。
(3)宿主内源性感染或内源性病毒产物，通过病毒对HLA-B8阳性宿主的异体化作用，可把病毒种植于白细胞表面上，因而出现抗病毒和抗病毒感染的细胞反应，这些反应包括细胞免疫反应和体液免疫反应，病毒可使组织成分发生变化而出现自身抗原性，刺激B细胞产生相应抗体，发生抗原抗体反应，形成免疫复合物，引起组织损伤，受病毒感染的细胞在细胞毒作用下，释放出碎片，可使机体发生自身致敏作用，因而产生抗细胞成分抗体，另外，病毒刺激淋巴细胞可产生中和因子，促使自身免疫的发生。
3.抗淋巴细胞抗体
有人发现混合结缔组织病 患者血清中有一种抗淋巴毒抗体(抗淋巴细胞抗体)，此抗体本质是IgM，对周围T，B细胞均有破坏作用，它的活性与周围血液白细胞及淋巴细胞数呈反比，在病情活动期其活性升高，在缓解期则活性降低，有皮肤，神经，食管症状者阳性率高，但与肾脏改变，关节症状无关。
4.病理
(1)皮肤镜检可见表皮过度角化，上皮萎缩;真皮内胶原纤维水肿 ，增生;皮下脂肪组织有变性坏死;皮下组织小血管管壁增厚，内膜增生，肿胀 ，伴有不同程度的炎性浸润，血管周围纤维组织增生，透明变性。
(2)肌肉镜检有变性，横纹肌横纹不清，本病的病理特征既是系统性红斑狼疮，皮肌炎和系统性硬化症三者的综合，又有不同之处，如肌肉有不同程度的炎性改变与系统性硬化症不同;血管呈一般的炎症改变，无类纤维蛋白变性，又不同于系统性红斑狼疮。
5.中医病因病机
(1)病因：本病的病因不外为内，外两因。
内因多责之于先天禀赋不足，阴阳，气血亏虚或失衡，日久造成脏腑功能紊乱，常在外邪的诱发下而起病，或由后天饮食偏嗜，如嗜食辛辣肥甘而生湿，生热，生痰;或暴食生冷，伤及脾阳;或由劳倦过度，病后失养;或内伤情志，损及脏腑，气机等等，均可导致机体内环境的失衡而成为发病的基础。
①先天禀赋不足：先天禀赋不足之人，阴阳失调，偏于肾阴亏虚，则属阴虚内热 ，外邪乘虚而入，“邪人于阴则痹”，痹阻先在阴分，阴虚为本，血虚有火，病久阴血暗耗，阴损及阳，气阴两虚，时有外感诱发，病深则阴阳两虚。
②肾阳衰微：素体肾阳衰微，阴寒内凝，复感外邪而发，病程迁延日久者，痹阻络脉之邪可内舍于脏腑，使脏腑功能失调，元阳虚 亏，真阴不足，气血虚衰，全身多部位和脏器损害，甚至危及生命。
外因多由外感六淫，或留着肌肤，闭阻关节，或内侵脏腑而导致发病。
六淫外感：素体营血不足，卫外不固，腠理不密，风寒湿之邪乘虚外袭，凝结于肤腠，阻滞于经络，致使营卫失和，气血瘀滞，痰瘀痹阻，失于濡养;或外邪郁而化热，化热则伤阴，湿热交阻或暑热由皮肤而入，酿成热毒;燥气伤津，津亏血燥，总之，风，寒，暑，湿，燥，火，外能伤肤损络，内能损及营血脏腑。
(2)病机：
①体质与发病：本病多发生于女性，女性为阴柔之体，素体阴盛阳虚，外邪入里化寒，可伤及脾肾之阳，水湿不化，故可见肢体肿胀;阳虚血运无力推动，一可以阻滞于脉络出现关节筋骨疼痛，二能留滞于肌肤出现瘀点，瘀斑;脾阳亏虚，中州失运，可以出现四肢肌肉酸疼，乏力，女性致病的另一个特点为情志因素，忧思郁怒，暗耗阴血，日久化热，所以也可有阴液亏虚而生热的表现，如长期发热，口鼻眼干涩，皮肤斑疹等。
此外，先天禀赋和后天调摄对体质都是重要的影响因素，有时可以引起机体阴阳的转化，而增加疾病表现的复杂性，临床当详细辨别。
②内侵脏腑，变化多端 本病开始常表现为肾的阴阳失衡，随着疾病的发展，可以累及各个脏腑并产生多种病理产物，伤及脾胃可见腹胀 ，纳呆，便秘 ;伤及肺者可出现胸闷，憋气，呼吸困难;累及心者可见惊悸，怔忡 甚则胸痛;累及肝者可见胁肋胀痛，嗳腐吞酸;肾脏损害加重则可见小便不利，水肿等证，气机运行不畅可见腹胀，腹痛 ，咳嗽，气喘;气化不利，津液停着则为痰，痰留脉中则可化瘀。
③瘀血痰阻：由于病久气血运行不畅，而致血停为瘀，湿凝为痰，痰瘀互结，复感外邪，内外互结，阻闭经 络，肌肤，关节，血脉，甚至脏腑，阻塞上焦，心肺损伤 ，气喘胸闷，胸痛心悸;阻于中焦，脾胃受损，运化失职，胃纳不佳，生血不足，血虚有火，热迫血行，血不循经，溢于脉外则衄血，紫斑，皮疹或见血尿 ;阻于下焦，肝肾受损，精华流失，则腰酸浮肿，腹水 贫血 ;上入巅脑则偏瘫癔病，痰瘀互结，流注 关节可见关节疼痛，停于皮下可见皮下结节，阻于咽部则可见吞咽困难 ，阻于胸胁则可见症瘕 积聚 ，痰瘀交阻或瘀热内生，凝聚皮表肌腠，气血痹 着，失于濡养则手浮肿呈腊肠样肿胀，指尖皮肤变硬;血脉痹 阻，阳气不达四末，故肢端皮肤或白或青紫;阻于经络肌腠关节则肌肉关节酸痛无力。