肛管、直肠、结肠病变（30%）：
最多见为直肠肿瘤及炎症性疾病，直肠肿瘤浸润破坏括约肌，溃疡性结肠炎，克隆病引起直肠炎症长期腹泻，完全性直肠脱垂引起肛门松弛，阴部神经牵拉受损等。
肛门、直肠括约肌损伤（28%）：
最多见的原因是肛管直肠部手术和产伤，尤其是高位肛瘘手术破坏肛管直肠和括约肌，产伤中第三度会阴撕裂。此外，内痔、肛裂、直肠脱垂琢直肠肿瘤等手术处理不当，或肛管部组织遭受外来暴力、药物注射、灼伤、冻伤等均可引起肛门失禁。
神经系统病变（27%）：
如中枢神经系统疾病，脊柱裂，脊髓脊膜膨出，脊髓及骶神经损伤、感染和脊髓瘤。
其他（15%）：
肛门直肠先天畸形和肛门直肠神经障碍均可导致肛门失禁。